Algoritmi u bioinformatici

Nositelji
ECTS
URL
Studiji
Nastava na engleskom
doc. dr. sc. Strahil Ristov
6.00
http://www.fer.unizg.hr/predmet/aub_a
(Semestri: 1 ,3)
0 (Nastavnik nije u mogućnosti ponuditi nastavu na engleskom jeziku)

Opis predmeta

Osnovni pojmovi o biološkim sekvencama. Točno sekvencijalno pretraživanje nizova. Boyer-Moore algoritam. Pretraživanje nizova indeksiranjem. Sufiksno stablo. Sufiksna tabela. Približno pretraživanje nizova. Udaljenosti među nizovima. Dinamičko programiranje. Globalno i lokalno poravnanje. Razmaci, težine, matrice supstitucije. Višestruko poravnanje, profili, porodice. Algoritmi primijenjeni u programima za pretraživanje bioloških baza FASTA, BLAST, GBLAST, BLAT. Problemi u sekvenciranju genoma.

Najnovije obavijesti

Literatura

  1. Dan Gusfield (1997.), Algorithms on Strings, Trees and Sequences, Cambridge University Press
  2. Arthur Lesk (2014.), Introduction to Bioinformatics, Oxford University Press
  3. Richard Durbin, Sean R. Eddy, Sean Eddy, Anders Krogh, Graeme Mitchison (1998.), Biological Sequence Analysis, Cambridge University Press

Izvođači